El régimen administrativo del archipiélago de Balboa está conformado por un Alcalde, quien es la máxima autoridad del Municipio de Balboa. Además cuenta con un Consejo Municipal el cual está conformado por 6 representantes de corregimiento pertenecientes a las comunidades de: San Miguel, La Esmeralda, La Ensenada, La Guinea, Saboga y Pedro González.
En cuanto a la seguridad civil existe el Servicio Aeronaval, el cual está presente en todas las comunidades. La autoridad local está constituida por un juez de paz, el cual es nombrado por el Alcalde.
