Se han reportado al menos 93 vertebrados, dentro de los cuales tres corresponden con especies de anfibios, diecisiete con reptiles, ocho con mamíferos (cuatro marinos) y 65 aves. Los anfibios pertenecen al orden de los anuros (ranas y sapos) y se encuentran dentro del bosque y en áreas abiertas. Se han registrado cinco especies de anuros (Cooke et al. 2012. Entre ellos se reporta el sapo común (Rhinella marina), la rana de lluvia (Craugastor raniformis) y el sapito túngara (Engystomops pustulosus).
Para el caso de los reptiles, las serpientes son las más diversas dentro de este grupo. Se han identificado 29 especies de reptiles, de los cuales se observan con mayor facilidad en zonas abiertas, en el bosque, en el mangle o en las lagunas, la boa común (Boa constrictor), la serpiente cazadora (Mastigodryas melanolomus), las lagartijas arborícolas (Anolis tropidogaster), el limpia casa cabeza naranja (Gonatodes albogularis), la iguana verde (Iguana iguana), la iguana negra (Ctenosaura similis), el meracho (Basiliscus basiliscus), gekkos cantores (Hemidactylus frenatus) y el cocodrilo (Crocodylus acutus)
Las aves son la clase más diversa con 154 especies, de las cuales únicamente 58 son residentes (Martín-Rincón 2012, Cooke et al. 2012). Algunas de las familias de aves son: Ardeidae (garzas), la Tyrannidae (mosqueros), Accipiridae (gavilanes), Columbidae (palomas), Psittacidae (pericos y loros), Trochilidae (colibríes), Thraupidae (tangaras) y Parulidae (reinitas). Familias de menor representación fueron Cathartidae (gallinazos), Thamnophilidae (hormigueros) y Emberizidae (pinzones embirizinos).
Protegiendo al Pelicano Pardo (Pelecanu occidentalis) El Golfo de Panamá, y particularmente el Archipiélago de Las Perlas, es el área más importante para la anidación de Pelícanos Pardos (Pelecanu occidentalis), en toda Centroamérica. Conteos que realizamos inicialmente con Kushlan (Angehr y Kushlan, 2007) indican que el Golfo sostiene una población que supera los 14 000 individuos, una gran parte de la población global de la subespecie carolinensis. El Golfo podría contar con la concentración más grande en todo el mundo de esta subespecie Solamente en la Isla de Pedo González en el 2016 se contabilizaron un total de: 5,323 nidos y un inventario de 15,969 pelicanos pardos
