El 87.4% (1,348, 82 ha) de la isla Pedro González está cubierto por un bosque secundario joven, intermedio y maduro, altamente intervenido y con gran cantidad de plántulas producto de la regeneración natural. La mayoría de los árboles que conforman el dosel superior del bosque son caducifolios como el cedro espino (Bombacopsis quinata), y árboles perennifolios, como los guarumos (Cecropia longipes), cortezos (Apeiba tibourbou), madroño (Garcinia madruno) y membrillo (Gustavia superba), los cuales forman parte del dosel intermedio del bosque
Además hay varios sectores de manglar en las ensenadas Honda, San Antonio y Diego Martínez, y en las lagunas de las playas Galera y Brava. El área de mangle corresponde al 0,64% (9,85 ha) del total de la isla. Las especies que se encuentran en los manglares son: Laguncularia racemosa, Rhizophora mangle, Rhizophora racemosa, Avicennia germinans, A. bicolor, Conocarpus erectus y Elaeis oleífera